UrbanGen
Анализ микробиома сточных вод
Проект UrbanGen
В ходе проекта мы планируем изучать микроорганизмы на основе анализа ДНК, а именно популяций микроорганизмов в образцах воды, взятых из разных источников, которые подвергаются воздействию человека.
В рамках проекта команда будет регулярно брать в Троицке образцы воды из-под крана, из водоема и из очистных сооружений.

Мы предлагаем методом секвенирования изучать микробное сообщество в сточных водах для мониторинга состояния здоровья тройчан и экологической безопасности на основе биоинформатического анализа полученных данных.

О чем наша работа?

Исследование геномного состава окружающей среды мы будем проводить методом секвенирования нового поколения (NGS). Это группа методов, основанных на одновременном параллельном прочтении множества индивидуальных молекул ДНК (от десятков миллионов до миллиардов).


Результаты можно использовать для:

⦁ Анализа микробных сообществ

⦁ Открытия новых организмов

⦁ Исследования микробных популяций в динамике для восстановления экологии

⦁ Слежения за инфекционными заболеваниям

В чем уникальность нашей работы?
Множество лабораторий делает исследование химического состава воды (содержание солей, микроэлементов, жесткость воды и т.д.) при этом не оценивая ее бактериальную, особенно вирусную составляющую. Мы предлагаем использовать секвенирование нового поколения, которое можно использовать при изучении и вирусов, бактерий и других патогенов.
Ранее бактериальный состав проверяли при помощи микроскопии, каплю воды капали на стекло и смотрели на количественный и редко качественный состав. Это малоинформативный, малопроизводительный и неточный подход, бактерии все очень мелкие и похожи друг на друга, а вирусы в световой или электронный микроскоп вовсе не видны. Более современным является подход, когда изучают патогены при помощи обнаружения их генома в жидкости. NGS может заменить сразу несколько методов и предоставляет высокоточные данные, позволяя различать штаммы патогенов даже незначительно отличающиеся в своей последовательности.
Плюсы метода

  • Точность
  • Информативность
  • Высокая производительность
  • Относительная дешевизна

Мы планируем колаборацию с биотехнологическим подразделением Техноспарк. Будем совмещать оценку наших образцов с запланированными запусками секвенаторов компании и наши образцы будут изучаться при наличии свободных ячеек при коммерческом анализе других образцов.

Дорожная карта проекта

Этапы исследования

1. Забор проб

2. Фильтрация образцов

3. Выделение ДНК из образцов

4. Определение степени очистки и концентрации нуклеиновых кислот

5. Амплификация ДНК под требования платформы секвенирования

6. Сиквенс

7. Биоинформатический анализ данных

Мониторинг сточных вод позволяет выявлять вспышки инфекционных заболеваний раньше, чем диагностическое тестирование

Услуги геномной лаборатории Техноспарк

  • Пробоподготовка 3 образцов - 30 тыс.
  • Мультиплексная амплификация - 33,5 тыс.
  • Секвенирование на Illumina MiSeq - 41,5 тыс.
  • Расходные материалы (фильтры, реактивы и пр.) - 20 тыс.
  • Биоинформатическая обработка полученных данных - по запросу
Во время съёмок ни один микроорганизм не пострадал. Артём Титов использовал стерильные среды для моделирования исследования.
Видео из секретной лаборатории с основными этапами исследования
Конкурентный анализ

На данный момент рынок частного тестирования микробиома пока находится в зачаточном состоянии. Не удалось найти компанию, которая делала бы подобные анализы для целого города. Наш проект не имеет прямых конкурентов, но есть ряд компаний, которые делают широкомасштабное секвенирование как в пределах России, так и за рубежом.


Компании, исследующие микробиом:

  • 23andMe (США)
  • Atlasbiomed (Россия)
  • Viome (США)
  • Геномед (Россия)
  • uBiome (США)
  • InSilico Medicine (США)

Стоимость стандартных коробочных тестов от 150 до 500 $.

 Команда проекта
Технологический партнер
Группа компаний Technospark
Закирова Алия
Наставник
Титов Артём
Молев Андрей
Шубников Даниил
Аналитик
Щемелин Павел
Скатов Тимофей
IT специалист
This site was made on Tilda — a website builder that helps to create a website without any code
Create a website